Aquel año de 1831, hallándose la capital de la ciudad de Sevilla invadida del cólera morbo asiático, de cuyo contagio mortífero era de absoluta necesidad precaverse por sus funestos efectos, el ayuntamiento adoptó todas las medidas consignadas en los reglamentos sanitarios y en las reales órdenes vigentes, pero se necesitaban recursos y fondos con que atenderlas, no siendo suficientes los servicios personales que prestaban los vecinos en las guardias, comisarías de puertas o palenque en el exterior de la población para la venta de granos a los pueblos limítrofes. Había otros lugares cuya atención se hacía con un número muy corto de efectivos, como eran los lazaretos en que se establecían las personas que tenían que guardar cuarentena por ser su procedencia sospechosa o de lugar infectado. En estos establecimientos se aplicaba una disciplina muy rígida como único garante eficaz para conservar la salud.
Como en estos mismos establecimientos entraban personas absolutamente pobres y sin recursos, para atender a su diaria subsistencia y necesidades de la vida era indispensable por ello obtener fondos. Para ello, el ayuntamiento estableció unos arbitrios, con destino a los gastos de sanidad, de los productos de consumo: 2 cuartos por fanega de trigo que se extrajese de la villa; 2 cuartos en cuartillo de aguardiente y licores; otros dos cuartos en cuartillo de vino, 2 a cada libra de jabón y otros 2, a cada arroba de aceite que se exportase de la villa y su término, y 6 maravedís cada fanega de semillas, excepto los garbanzos que será de dos cuartos. Con estos arbitrios creía el ayuntamiento que podría atender a los gastos de sanidad. Y para tener una mayor disponibilidad de dinero acordaron sacarlos a subasta, con la condición de que el arrendatario de los arbitrios hiciera el pago por meses adelantados.
Uno de los alimentos más usuales, además del pan, era la carne, especialmente de ganado lanar. Por ello no es de extrañar que la junta de salud local tuviese especial cuidado en que se observasen las normas de salubridad de las carnes. Era muy frecuente que las clases con menor poder adquisitivo tuviesen que comprar carne que en muchas ocasiones no eran sacrificadas en el matadero y posiblemente pertenecieran a animales que habían muerto por alguna causa, por ejemplo, una res que se rompía una pata y había que sacrificarla en el campo; otra que se había empachado de tanto comer y no había más remedio que matarla, etc. Estas carnes, como no pasaban por el matadero, eran vendidas en las casas particulares de carniceros no autorizados o de propios ganaderos.
El informe emitido por el médico titular, Vicente Avilés, en 1834 manifestaba lo nocivo que podría ser el consumo de carnes insalubres, ya que podían producir males trascendentales a la salud pública, en cualquier tiempo, pero muchos más cuando multitud de pueblos de la provincia se encontraba atacada del terrible mal del cólera morbo y que si afortunadamente se había podido cortar en esta villa, nada difícil sería que se reprodujese si se permitiese vender y consumir las carnes mortecinas, siendo suficiente causa para una explosión difícil de cortar. Ante este informe, el ayuntamiento en pleno acordó prohibir vender carnes en casas particulares y menos si eran de animales insalubres.
Otra de las preocupaciones del concejo era mantener las condiciones higiénicas más favorables para la población a fin de evitar que se contrajesen enfermedades y evitar las pandemias. Por ello, el ayuntamiento acordó, en el 1881, aprobar ordenanzas municipales en las que quedaba prohibido arrojar animales muertos y aguas sucias a la calle y que los estiércoles que se sacasen para llevarlos al campo no permaneciesen en las puertas de las casas más tiempo que el día en que se estaban trasladando, para que en la noche quedase limpio.
La defensa de la salud era una constante en el quehacer del ayuntamiento puesto que el control sanitario era eminentemente municipal en primera instancia y provincial en segunda. El año 1883, ante la presencia de una epidemia de viruelas, el ayuntamiento publicó la obligación que tenían todas las personas que no estuviesen vacunadas contra esta enfermedad de vacunarse a lo largo del mes de abril, especialmente los niños. A partir del año 1890 Fuentes tuvo que soportar diferentes enfermedades epidémicas, el cólera morbo en este año, difteria y viruelas en 1894, otras en 1899 y triquinosis en 1900. Para luchar contra todas ellas y prevenir la salud del vecindario se tomaron diferentes medidas.
Ante la aparición, en el año 1890 del cólera morbo en la provincia de Valencia, la junta nacional de Sanidad emitió una orden dando instrucciones para aminorar los efectos de la epidemia entre la población. Nuestro ayuntamiento adoptó inmediatamente unas medidas tras reunir la junta de sanidad local: los facultativos locales lo comunicarían tan pronto tuviesen conocimiento de algún caso de esta enfermedad; se publicó un bando haciendo saber a los que tuviesen dentro de sus casas la obligación de sacarlos al campo dentro de 24 horas, recomendando al vecindario el blanqueo de las casas, tanto exterior como interior e igualmente el mayor aseo posible en todas ellas; obligación de fumigar todas las mercancías que llegasen en los trenes y destinar las 5.000 pesetas que había presupuestadas para socorros y gastos de enfermos pobres y las 1.500 pesetas de imprevistos.
La última década del siglo fue altamente conflictiva en cuanto a las enfermedades se refiere. De 1895 a 1899, la población se vio afectada por las epidemias de viruela, sarampión y gripe. Por ello la junta de sanidad local pidió al ayuntamiento que tomara la decisión de que sus tres tenientes de alcalde girasen visitas domiciliarias para velar por el cumplimiento de las órdenes de la alcaldía publicadas por edictos, referentes a la higiene pública; hacer que desaparecieran las zahúrdas para cerdos de las inmediaciones del pueblo; que los señores veterinarios vigilasen la higiene en los artículos alimenticios y que el jefe de vigilancia y personal a sus órdenes pusiese especial cuidado en la estación férrea, entradas del pueblo, hospedajes y posadas con la procedencia de viajeros, dando inmediato aviso si llegara alguno procedente de los pueblos infectados.
A finales del último año de siglo, 1900, los animales de consumo de carne, principalmente los cerdos, se vieron afectados por la triquinosis. Como el contagio de la enfermedad se verificaba por la ingestión de las carnes de cerdo que padecían triquina y la existencia de este parásito sólo es perceptible con la ayuda de un buen microscopio, la corporación creó la plaza de inspector en carnes e intentó averiguar el paradero del que había en el matadero y se acordó que por la alcaldía se diesen órdenes determinantes y concretas al inspector de carnes al objeto indicado, requiriéndole que la inspección se practicase no solo en las carnes de los cerdos degollados, sino en los embutidos y demás preparados de carne de cerdo. Todo dirigido a conservar la salud de los fontaniegos.